Σύμφωνα με το άρθρο 13 του Ν. 4314/2014 για την προγραμματική περίοδο 2014-2020 με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας οι Ειδικές Υπηρεσίες Διαχείρισης των Περιφερειακών Επιχειρησιακών Προγραμμάτων ορίζονται ως Ενδιάμεσοι Φορείς Διαχείρισης (ΕΦΔ) για την άσκηση αρμοδιοτήτων άλλων Επιχειρησιακών Προγραμμάτων.

Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγραμματος Περιφέρειας Ηπείρου έχει οριστεί ως Ενδιάμεσος Φορέας Διαχείρισης για πράξεις των Προγραμμάτων :

• Τομεακό Πρόγραμμα «Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αγροτικής Ανάπτυξης» 2014-2020 (ΠΑΑ), για πράξεις του ΠΑΑ
• Τομεακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Υποδομές Μεταφορών, Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη» (ΥΜΕΠΕΡΑΑ), για πράξεις του Τομέα Περιβάλλοντος που συγχρηματοδοτούνται από το Ταμείο Συνοχής.

Επίσης η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος Περιφέρειας Ηπείρου έχει ορίσει αντίστοιχα ως Ενδιάμεσους Φορείς Διαχείρισης για πράξεις του Επιχειρησιακού Προγράμματος Περιφέρειας Ηπείρου :

• Τη Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού Περιφέρειας Ηπείρου 
• Την Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα και Καινοτομία».
• Τον Δήμο Ιωαννιτών